Комплексная безопасность 2011
Комплексное использование вторичных ресурсов
Экология большого города
10_Чистая вода
Распределённая база знаний в области молекулярной биологии
Рейтинг: / 3
ХудшаяЛучшая 

Финансирование

Начало НИОКР — 2007 г.; бюджетное финансирование, 2008 г. — бюджетное финансирование и собственные средства, завершена в 2009 г.

Краткое описание

Написание литературных обзоров является неотъемлемой частью научной деятельности. Однако в силу большой интенсивности разработок в области биомедицины, обзор не может вместить в себя всех аспектов затронутой проблематики и донести до читателя практически значимые детали. Часто при работе с литературой у читателя возникает ощущение, что рассматриваемый вопрос в какой-то мере имеет отношение к его проблеме, но вот в чём это сходство — установить сложно.

Чтобы довести знания до других их необходимо структурировать. Сведений так много и они настолько разнородны, что структурирование не только трудоёмко, но и ведёт к потере или искажению информации. Решение заключается в применении баз знаний для структурирования области экспертной компетенции — одного специалиста или целой научной группы. Видение научной проблемы, ранее доступное только узким специалистам, в формате базы знаний становится доступно всем.

Мы предлагаем информационно-аналитическую систему, основанную на электронной библиотеке PubMed. В этой системе Ваши публикации, статьи Ваших коллег, Вашей группы или организации, цитируемые в них ссылки, а также родственные по смыслу документы составят основу структуры знаний. Методами интеллектуального анализа текстов из опубликованных документов будут извлечены ключевые термины и установлены взаимосвязи между ними. В таком обработанном виде Ваши знания попадут к пользователям PubMed через программу-посредник. Индивидуальные интересы каждого пользователя, выраженные в виде обращений к определённым статьям, будут автоматически соотносится с базой знаний. Каждый будет видеть те элементы Вашей специализации, которые в наибольшей степени отвечают целям его исследовательской активности и текущему пониманию проблемы. Оттолкнувшись от этого понятного фрагмента, Ваш «клиент» сможет проследовать дальше по подготовленной Вами структурной схеме за дополнительными знаниями.

Сотрудничество в рамках проекта по структурированию знаний позволит резко повысить эффективность решения целого ряда задач:

  • обработка результатов высокопроизводительных экспериментов — расшифрованных геномов, гаплотипов, протеомов и транскриптомов;
  • установление взаимосвязи между генетическим полиморфизмом и заболеваниями, анализ индивидуальной восприимчивостью к лекарствам и механизмов побочного действия препаратов;
  • выявление потенциальных мишеней действия лекарств, в том числе точек приложения мультитаргетных препаратов и расширение показаний зарегистрированных средств;
  • создание и сравнение профилей компетенции научно-исследовательских коллективов, подразделений и организаций, выполняющих биомедицинские разработки.

Базы знаний могут формироваться не только на основе публикаций, но и содержать результаты оригинальных расчётов, которые также станут достоянием широкого круга пользователей PubMed посредством семантических ассоциаций. База знаний — это реальная возможность для ненавязчивого информирования Ваших коллег о том, что раньше казалось им «слишком сложным», включая:

  • молекулярные модели белков и результаты виртуального скрининга;
  • физико-химические и биологические свойства химических соединений;
  • структура генома и его регуляция;
  • белок-белковые взаимодействия и метаболические взаимосвязи;
  • и многое другое.
Click to see real size

Данная разработка является внедрённой, защищена комплектом охранных документов, включающем патент, полезную модель, ноу-хау и программный продукт.

Конкурентные преимущества

Маркетинговые исследования были проведены с привлечением профессиональных специалистов саморегулируемой организации «Общероссийская общественная организация «Российское общество оценщиков».

Основным преимуществом разработки по сравнению с аналогами являются:

  • полная автоматизация процедуры создания базы знаний;
  • «несмещенная оценка», отражающая объективное состояние разработок в предметной области, а не результат субъективного экспертного мнения;
  • существенное снижение себестоимости по сравнению с аналогами предоставляет возможность постоянной актуализации входящих в базу знаний объектов и ассоциативных связей;
  • возможность создавать специализированные базы знаний по разным направлениям научно-исследовательской деятельности, в том числе по направлениям, имеющим интерес только для ограниченной группы пользователей.

Научная значимость

В 2009 году о разработке опубликованы 3 статьи в рецензируемых журналах:

  • Ponomarenko et al., (2009) Identification of differentially expressed proteins using automatic meta-analysis of proteomics-related articles. Biomed Chem. 55, 5—14.
  • Кистанова и соват. (2009) «Группировка природных соединений с использованием ассоциативного анализа». Известия ТСХА, № 4 (в печати).
  • Пономаренко и соват. (2010 — в печати) «Создание семантических сетей белков с использованием PUBMED/MEDLINE» Молекулярная биология, № 1.

Примеры практического применения

Разработка позволяет создавать базы знаний в области наук о жизни: молекулярной биологии, нанобиотехнологий, молекулярной медицины, биотехнологии, биоинженерии и генной инженерии. Специфика области применения определяется наличием существенного количества объектов, которыми в молекулярной биологии являются наименования молекул, в том числе — генов, белков лекарственных соединений, а также наличие обширных электронных библиотек текстовых описаний свойств данных объектов (примером которой является Интернет-ресурс PubMed).

Основными потребителями разработки являются научно-исследовательских учреждения государственных академий наук, учреждения высшего профессионального образования. Потенциальными потребителями разработки также являются коммерческие компании, заинтересованные в демонстрации ассортимента своей продукции, в наибольшей степени отвечающего научно-исследовательскому профилю пользователя PubMed.

Степень подготовки к передаче для тиражирования — 100 %

В наличии имеются потенциальные покупатели.

География рынка сбыта

Россия, ЕС, США.

Объём рынка сбыта

Объем российского рынка — до 50 копий в год (ок. 4,5 млн. руб.), объём зарубежного рынка — до 100 копий в год (ок. 10,0 млн. руб.)

Срок продвижения на рынок: 1 год.

Рентабельность проекта составляет 27 %, срок окупаемости — 1,5 года.

Себестоимость, руб. — 35 000; Цена реализации, руб. — 89 000

Разработчик

КуБ, ООО